Мікроманіпуляція – мікрохірургічна операція на клітині, яка проводиться під мікроскопом за допомогою спеціальних мікрохірургічних інструментів. Зазвичай застосовуються наступні мікроінструменти: ін’єкційна мікропіпетка, мікроголка, аспіраційна мікропіпетка та мікроприсоска (холдер) для фіксації клітини. В ЕКЗ проводяться такі мікроманіпуляції, як: інтрацитоплазматична ін’єкція сперматозоїду (ІКСІ), допоміжний хетчінг та біопсія бластомеру.